Кики — 13-летняя ведьма, проходящая обучение и живущая в деревне у своей матери, также ведьмы, изготавливающей целебные средства для местных жителей. Кики достигла возраста, когда по традиции она должна покинуть свой дом и в качестве стажировки провести год жизни в незнакомом городе. Героиня садится на материнскую метлу со своим компаньоном — чёрным котом Дзи-дзи, и, с трудом справляясь с метлой (взлетела и попала в деревья), отправляется в далёкий путь. Один из провожавших внимательно прислушался: был слышен звон колокольчика — значит, с Кики всё в порядке. И вот, Кики и её верный Дзи-дзи летят. Кики попросила кота включить радио. Начинает звучать ритмичная музыка и идут начальные титры. Музыка кончается. Тут Кики и Дзи-дзи встречают другую такую же ведьму, возвращающуюся со стажировки обратно домой. Та ведьма посоветовала Кики побольше работать над своим внутренним духом. Затем она сказала: «Чао!» и резко пошла на снижение. Вдруг прогремел гром и начался сильный дождь. Кики и Дзи-дзи поспешили укрыться. Они влетели в открытый люк в крыше вагона состава, стоящего на боковом пути в ожидании встречного поезда. В этом вагоне они попали в сетку с сеном для коров, там они выспались и отдохнули (в это время поезд тронулся и поехал). После отдыха Кики и Дзи-дзи вылетели из поезда и продолжили поиски местечка, где они обоснуются. Вскоре их взору открылся прелестный городок, протянувшийся вдоль залива.
Кики полетела туда. Этот городок назывался Корико. После некоторых трудностей, ей удалось обосноваться и открыть свою небольшую службу по доставке вещей посредством полетов на метле. По мере работы ведьмочке и её коту приходилось сталкиваться с трудностями: им приходилось летать в дождь, после чего Кики заболела; также они сталкивались с неблагодарностью и грубостью клиентов. И помимо всего этого, на плечи юной ведьмы падает груз ностальгии и одиночества.
В этом городе Кики встречает мальчика-ровесника по имени Томбо, которому нравится авиация и сама Кики. Сначала ведьмочка не хочет иметь дело с Томбо, но вскоре они подружились. В то же время кот Дзи-дзи влюбился в местную кошку по имени Лили, которая ему сначала тоже не очень понравилась (показалась зазнайкой). В конце картины можно наблюдать, что впоследствии у Дзи-дзи и Лили родились котята.
Может быть в силу неуверенности в себе, Кики начинает терять способность летать на метле. От этого ей становится страшно, обидно и стыдно. К счастью для себя, Кики во время выполнения первого задания познакомилась с молодой художницей по имени Урсула, которая уже преодолела кризис подросткового возраста. Урсула подсказывает Кики, как преодолеть страх неуверенности в себе и снова получать радость от жизни.
Кульминация картины наступает в момент, когда дирижабль, вследствие сильного ветра, срывается с якорей и терпит крушение. Мальчик Томбо, пытавшийся удержать дирижабль, оказывается на краю гибели. Вот тогда Кики получает долгожданную уверенность в себе и снова обретает способность летать. Так Кики становится знаменитой. Но, несмотря на это, она пишет домой простое скромное письмо, что у неё всё в порядке, жильё нашла, работать начала.
Когда идут конечные титры, можно видеть продолжение сюжета — Томбо с друзьями и с Кики построили планер на велосипедной тяге; маленькая девочка шла с мамой в костюме Кики и с крохотной метлой; у кота Дзи-дзи и кошки Лили родились котята и Дзи-дзи берёт с собой одного из котят на метлу Кики во время полёта.
